En el área educativa, el Colegio cuenta con un museo de ciencias naturales y otro etnográfico. En el primero se tiene una colección de 2. 846 animales de los cuales se distribuyen en 172 reptiles, 14 anfibios, 122 peces, 2.246 aves y 293 mamíferos. En el segundo, las muestras recogen a las culturas de las tres regiones del país. Su fundación data en septiembre de 1950 con el nombre de Instituto Ecuatoriano de Antropología y Geografía. 
En el año de 1974 El Instituto Ecuatoriano de Antropología y Geografía, dona al Instituto Nacional Mejía 22 esculturas que representan a diversos grupos étnicos del país. Actualmente el Museo cuenta con 57 esculturas, talladas en madera, en tamaño natural, llamando mucho la atención la variedad de esculturas que ilustran las distintas etnias.
En la biblioteca del colegio se halla, entre sus textos, el manuscrito original del quiteño Eugenio Espejo que trata sobre las viruelas. Además, también guarda algunos libros que datan desde la época colonial hasta la era republicana. Muchos de los libros de la biblioteca del Mejía provienen de los incautados a los jesuitas en su expulsión de las colonias españolas, y de varias bibliotecas estatales.
Ubicación: Calle Venezuela y calle Antonio Ante
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